Secara mikroskopis atau histologis, dinding saluran cerna terdiri dari empat lapisan, yaitu:

- Tunika mukosa
- Terdiri dari lapisan epitel yang membatasi lumen saluran cerna, lamina propria, dan tunika muskularis mukosa yang memisahkan mukosa dengan submukosa.
- Sel epitel memiliki banyak fungsi, yaitu absorbsi (pertukaran air, elektrolit, serta nutrien), sekresi enzim, serta sebagai barier yang banyak mengandung sel imun.
- Lamina propria merupakan lapisan dibawah lapisan epitel yang banyak mengandung saluran limfa, pembuluh darah, dan ujung-ujung saraf aferen maupun eferen.
- Lapisan submukosa
- Terdiri dari jaringan ikat elastis serta pembuluh darah dan limfa.
- Terdapat pleksus saraf Meissner yang berfungsi untuk mempersarafi lapisan epitel dan mukularis mukosa.
- Tunika muskularis
- Tersusun dari jaringan otot polos sirkuler dan longitudinal.
- Di antara lapisan otot sirkuler dan longitudinal usus halus, terdapat kumpulan sel ganglion yang disebut dengan plexus Auerbach’s.
- Tunika serosa, yaitu jaringan ikat terluar yang menghasilkan cairan serous.
Â